微生物质谱鉴定是一基于细菌全细胞蛋白质组指纹图谱分析的技术，需要通过专门的数据分析和专家系统对未知细菌的特殊蛋白图谱和菌种文库中收集的菌种蛋白质组指纹图谱进行比较。由于微生物质谱分析的蛋白质大分子适合于飞行时间质量分析器，因此，微生物的质谱鉴定被统称为基质辅助激光解吸电离的飞行时间质谱技术MALDI-TOF MS。
质谱分析仪与传统鉴定卡比较优点主要如下：
1.快速： MALDI-TOF MS.能直接对微生物的蛋白质混合物进行分析.标本接种24小时后，只要长出单个菌落，如图1，即可鉴定分析，从上机到出报告不足30分钟。传统鉴定卡法需挑取图1单个菌落转种分纯，24小时后生长为图2纯菌状态再上机鉴定，然后等待16-24小时出鉴定结果。与传统鉴定卡法相比，质谱分析仪将细菌鉴定时间提前了48小时。
图1初次培养 图2 纯培养
2.具有适应范围广，准确，灵敏。一些特殊细菌如诺卡，埃肯菌等鉴定卡无法检测的细菌都可以鉴定。
3.高通量，每张卡有48个孔位，一次最多可以检测48份标本。
质谱分析仪与传统鉴定卡比较缺点主要如下：
1.使用成本高:质谱分析仪设备价格和运营维护费用较高。
2.对操作者技术要求高：操作者需要专门的培训和练习才能正确操作和分析数据
3.清洗和校准复杂。
注意事项
1.质控菌种最好是第三代菌种，并需要每天转种。
2.质控位置上必须涂抹质控菌种。
3.卡板孔位上涂抹细菌时厚薄要适当。
4.只能做细菌鉴定，不能做药敏实验。
