消化系统手术的分类是在解剖部位下按照手术术式进行的，即每一个消化器官的手术基本按照切开、诊断性操作、病损切除、部分切除、全部切除术的顺序，由小到大进行排列。
1.肿瘤根治术 肿瘤根治术是一大类以治愈肿瘤为目的的手术方式，对原发灶及可能受累的周围组织做尽可能的彻底切除，以期达到根除肿瘤的目的。不同的部位、不同的病理诊断、不同的患者情况，其肿瘤根治术的意义均不相同，即手术切除的范围及术式不同。
对于任何部位的肿瘤根治术，在分类时，均需要仔细阅读手术记录，明确手术切除的范围(病损切除、部分切除或全部切除)、具体术式、有无其他器官的附带切除、有无器官周围淋巴结的清扫、有无器官的重建和成形。及时与临床医生沟通，确定切除范围及手术方式，以确保编码完整与准确。
消化系统常见的肿瘤根治术有以下几种。
(1)食管癌根治术：可能涉及的手术包括食管部分或全部切除，受累器官切除，胸内食管吻合术，小肠食管间置，空肠或结肠切除为了间置、淋巴结清扫术、食管或胃造口术等，在分类时需根据手术实际情况逐一进行编码，其中食管部分或全部切除为主要编码。
(2)胃癌根治术：在分类时需要明确胃切除的范围(部分或全部)、重建方式及淋巴结清扫情况。根据不同的适应证，临床上常见的手术方式有：近端胃切除同时行胃食管吻(43.5);毕I式胃大部切除术，即远端胃切除同时行胃十二指肠吻合(43.6);毕Ⅱ式胃大部切除术，即远端胃切除同时行胃与空肠吻合(43.7);全胃切除术(43.9),同时行食管十二指肠吻合术或食管空肠吻合术(不用另编码)。编码查找的主导词均为“胃切除术”。
(3)结肠癌根治术：结肠癌根治术在分类时首先需要区分切除范围，其编码根据手术入路的不同在ICD-9-CM-3中分为两处：一处在第五章，为腹腔镜入路的切除，编码为17.3-;另一处在本章，为开放性或其他入路，编码为45.7-。同时非端对端吻合术及肠造口术需另编码。
(4)直肠癌根治术：临床上常见的手术术式有经腹直肠癌根治术(Dixon手术)、腹会阴联合直肠癌根治术(Miles手术)、经腹直肠前切除伴结肠造口术(Hartmann手术)。
经腹直肠癌根治术(Dixon手术):又称为直肠低位前切除术，适用于中高位直肠癌。切除范围包括乙状结肠和直肠部分切除、直肠系膜全切、周围淋巴结清扫，保留肛门，重建方式为乙状结肠和直肠吻合，编码为48.63。淋巴结清扫术不需要另编码，如行预防性回肠造口(临时)则需另编码。
腹会阴联合直肠癌根治术(Miles 手术):适用于低位、腹膜折返以下的直肠癌。切除范围包括乙状结肠远端、全部直肠、肠系膜下动脉及其区域淋巴结、肛提肌、坐骨直肠窝内脂肪、肛管及肛门周围直径约 5cm的皮肤及全部肛门括约肌，重建方式为乙状结肠近端造口术，编码为48.5。淋巴结清扫术不须另编码。
经腹直肠前切除伴结肠造口术(Hartmann手术):适用于全身一般情况差，不能耐受Miles手术或急性肠梗阻不宜进行 Dixon手术的直肠癌。手术方式为经腹直肠癌切除、近端造口、远端封闭，编码为48.62(肠造口术无须另编码)。
2.间置术 间置术是指将病变管腔切除，在管腔的切除部位放置另一段管腔。间置术的手术编码涉及4个：①病灶管腔切除术；②病灶管腔切除部分的间置术；③间置物的切除术；④间置物切除段的吻合术，但端对端的吻合术可以省略编码。其中病灶管腔切除术为主要手术。
例如：食管部分切除术伴胸内结肠间置术
编码：(1)42.41 食管部分切除术
(2)42.55 胸内食管吻合术伴结肠间置术
(3)45.52 大肠段部分分离术
3.胆管结石手术 胆管结石是指肝内外胆管内有结石形成，是常见的胆管系统疾病，临床上有多种手术和非手术治疗方法。胆管结石手术治疗的原则是清除病灶、取尽结石、通畅引流、防止复发。具体手术方法需根据结石数量及分布范围、患者自身状况等因素确定，如胆管取石术、肝部分切除术、肝门部胆管狭窄修复重建术等。其中，胆管取石术是胆管结石手术的基本手段。
根据手术入路不同，胆管取石术分为3种情况：
(1)切开入路：胆管切开取石术为传统的外科手术，其编码根据切开部位不同分类在51.4的不同细目中，如胆总管切开取石(51.41),胆管切开取石(51.49)。
(2)经内镜入路：包括腹腔镜、内镜逆行胰胆管造影(ERCP)等经内镜入路取石，无论是胆管、胆总管均编码于51.88。必要时另编码ERCP及同时进行的十二指肠乳头括约肌切开和扩张等。
(3)经皮入路：即经皮经肝胆管镜取石术(PTCS),是指在超声引导或C臂造影透视下穿刺肝内胆管，经过扩张通道进行胆管镜取石，是肝胆结石治疗领域一项微创新技术。该手术编码 根据部位不同分类在51.9的不同细目中，如经皮胆管取石编码为51.98,经皮胆总管取石编码为 51.96。
4.其他常见手术术式
(1)闲置术：也称旷置术，即通过手术使该组织不再有任何功能和作用。主导词用“旷置术”。
(2)吻合术：肠吻合术包括端端吻合、侧侧吻合、端侧吻合、侧端吻合等，其中肠的端端吻合术为省略编码。
(3)外置术：手术使器官置于体外，如食管袋的外置、肠外置。
(4)包埋术：又称袋型缝合术，指囊肿手术的袋型缝合术。
(5)还纳术：疝气的还纳术，主导词用“修补术”;造口的还纳术，主导词用“闭合”。
(6)肠段分离术：是对正常肠段的切除，目的是用于代替其他空腔器官。
